无际禅师亭为石砌仿木建筑的无梁方殿，长7.8米，宽6.8米，高10米有余。坐北朝南，外观如"介"字形。亭盖系单檐四角攒尖式，飞檐挑角，脊上饰有人物异兽，亭顶雕待放莲苞，皆别具匠心。亭内：立五级八方石塔一座，上刻云纹、花草，无际禅师即葬于其中。亭顶为穹窿状，中心雕团花图案，内檐四周施云纹斗拱十六朵，除四朵转角铺作外，每面各置三朵，眼壁刻缕空云卷花，每朵上刻一菩萨，象征无际禅师的十二弟子（现存十一尊），菩萨身披袈裟，神态各异，皆面向石塔，从而突出主体。为显赫珍重，整个无际禅师亭又为三叠木结构的斗拱大寺殿所覆盖。大殿雄伟轩昂，形成塔于亭中，亭于殿中的布局。寺殿左方约2米处，还各有明碑一块，记木门寺兴沿及无际禅师事略。寺后有大雄殿，依山而建，气势巍峨。