从建寺以来一直传承雍仲本教佛法，现在在原寺遗迹下方还能朝见佛塔、泥像堂等，有块供奉地叫做阿夏地。

　　科波·洛珠降措之子得道者琼格的后裔科波·格日之子灯巴降泽做了木勒雍仲林寺的寺主并对缘起禳解术有很高的造诣，他从萨迦达钦法台仁波切处承受密宗道果方面的灌顶，并做了占堆（古新龙）土司的上师。

　　本寺由阿夏洛珠的后裔和弟子传承法座。科波·灯巴降泽有三子并分为三家及格亚、约金巴、木勒。木勒学绕仁青把原寺庙搬到原址下方叫做仁冬的地方，做了密宗净地仪式修建了四根长柱的新寺庙，他彻底的学习了别解脱戒。

　　寺里因有前译旧佛经《尺普雄》的供修仪式，所以前译本教佛法兴盛发达，他的兄弟有三子其中叫做灯孜的出家为僧。扎西降泽从格俄札青神山中取出一尊佛主塑像的伏藏品，当时占堆地方为噶厦（原西藏地方政府）控制管理区，因扎西降泽和他的儿子两人受到惩罚，关进了如龙城堡的监狱里分房看押。晚上-父子两彼此亮起了太阳光，第二天县令彭绕娃知道后请进卧室，请求上师为他们打卦占卜，上师因入狱发怒曰：“我不会打卦占卜，你们自己去占卜吧！”把佛珠扔到县令彭绕娃的怀里顿时变成一条蛇，彭绕娃惊慌的叫上师快快拿走蛇，上师不慌不忙的抓起蛇带到脖子上顿时变回佛珠，从此县令彭绕娃信奉-并尊封为占堆如龙衙门的根本上师，把黑日、依鲁、益勒普三地献于上师，他的儿子因噶厦政府关入监狱时晚上发出太阳光所以取名为尼玛（意为太阳）。后由雍仲益西、称春巴蓉等木勒历任上师们传承法座。

　　尼玛-敬请虹化高僧扎西降泽到本寺，为广大信众传授《尺普雄》灌顶传承。伏藏大师松昂林巴亲临传承十二仪轨的-，并教授了他自己的伏藏-修行三身金刚橛的修供仪轨神舞，从此伏藏大师松昂林巴的伏藏-在本寺兴盛。木勒雍仲益西迎请札氏大师班智达昂翁呷绒灯毕降泽和出世-泽翁吉麦到木勒寺，为广大僧众传授了《所雄昂》的戒律和《加行佛语海》。

　　寺庙里绘有本尊五好佛坛、十二仪轨、护法抚本六部等壁画。

　　三所依方面有：身所依有一箭高的降伏佛像一尊、由铜和金所铸造的十六尊者佛像、一卡高的三十五善逝像、用药泥来修造的导师青麦祖普、慈母像等在上层佛殿内，护法神殿内有本尊虎普火燃佛、抚本六部和相底斯郎神山等。

　　语所依方面有：《无垢威严》为主的显密经典上百部、还有无数的常用经典-。

　　意所依方面有：金铜铸造的八尊一尺高的佛塔、用土石修造的佛塔无计其数。

　　法器供器方面有：“部加玛”为主的三十对铜钹、五个铜锣、三个单钹、黄铜号角三对、唢呐三对、海螺四对、胫骨号角四对、金银铸造的三根本供品、宝瓶等一一俱全。

　　四季都有法会：正月有大愿法会十五天、五月内有受持近住戒法会、六月有三十名僧侣为期一个月的坐夏法会（夏令安居）、十二月二十日至三十日为冬季跳神和《尺普雄》修供仪轨的法会。

　　依靠本寺的田地提供法会的开销。四个村寨选出四名会首（修巴）管理公共财产。

　　本寺喇嘛僧徒数位：两位-、坐夏堪布两位、六十多名僧众。在文革时期寺庙除外墙和内部的一些佛像外其余的全部被毁坏。之后在称春巴蓉-（前任主持）和尼玛俄热-（本届主持）、尼玛灯吉绕沙-三舅侄为主的全体僧俗的共同努力下重修了大殿和重请雍仲佛法的《佛语部》和《注疏部》等不少佛经论著，并恢复了各季节的法会活动，现有四位-、两位坐夏堪布、九十多位僧众、在外学习者也达到二三十位。

　　寺庙以前所未有的速度在发展，还需广大僧众的支持和帮助。

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