扎如寺属雍仲本教，历史属“奔卡拉康”的延续。“奔卡拉康”是由雍仲本教创始人辛饶弥沃的骨系、希升贡灿旺登后裔章松尼玛塔朵-在公元870年创建。到明朝末年公元1573年，第二十一世奔卡-旦增坚参得到当时从西藏来的尕让尼玛高僧的加持和指点，把以前几座分散的小庙（奔卡拉康、盘兴拉康等）统合成一个大寺院，并选寺址新建大寺，赐名为“热悟宫扎西彭措林”（圣地吉祥0洲）。因此，奔卡-旦增坚赞是一位在近代深受爱戴的-，在九寨沟一带有深远的影响。文革时期寺院被毁后，寺址归附近的扎如村所有，故顺口称之为“扎如寺”

　　到清朝中末期，第二十八世奔卡-仁青坚赞和第二十九世奔卡-尤仲赤仲时期，先后对寺院进行了大规模的扩建修缮，同时特派一批信念坚定、能吃苦耐劳的僧人赴青海、西藏等地去购买寺院所需的建筑装饰物及经书、佛菩萨、法器等。到民改前夕，寺院已建成了具有相当规模的朝拜之地，成为香火旺盛的佛法圣地。寺院占地面积100多亩，寺院拥有大小经堂多座，囊钦奔卡仓和盘兴仓两座，茶房、库房、客房、藏经房各一座，僧房六十余座。重要法器、文物有“能叙大仁估让胸”、“自生金菩萨”、“自生金塔”、“佛舍利子”等；另有金顶、金轮、金塔、金幢、金法兽等，佛菩萨塑像大小一百多个，有千尊佛、壁画、唐卡、蟒筒、铜号、唢呐、净水壶、末尼宝、金刚杵、鼓、锣、钵、铜灯、铜器等。有佛经“甘珠尔”等经书300多卷；大小转经桶500多个，佛事活动和神舞中使用的各种法器法具70余件，整个财产数亿元。有僧侣129人，“杜旦”5人，-2人（第三十世奔卡桑吉次仲和磐兴泽觉），信教村寨四十多个，信教群众六千余人。每年举行6次佛事活动，即：“良美都钦”、“久根都钦”、“麻智助钦”、“郎介冬确”、“顾朵”和“依当格朵”。解放后民族地区土地改革时，党和国家对寺院采取了保留并加以保护的政策。1957年，阿坝州藏区发生反动上层的叛乱，将南坪县一带（九寨沟县）的寺院房屋和主要文物法器破坏，剩余的房屋和财产在十年浩劫中作为“四旧”切底毁灭。1970年，在“农业学大寨”中推倒残墙开垦为农田，并改造成果木园。

　　党的十一届三中全会以后，1985年，信教群众和原寺院的僧侣们自发-在寺院遗址搭帐篷开展了第一次佛事活动。以后信教群众积极捐款捐物要求重建扎如寺。

　　1986年，在四川省人民政府九寨沟现场办公会期间，四川省民委、四川省宗教局参加了会议。四川省宗教局负责人对扎如寺的情况作详细调查后，同意恢复扎如寺，阿坝州宗教局以阿宗发（1986）2号文批准恢复扎如寺，四川省宗教局拨款40000元作为恢复扎如寺的资金，加上群众的捐款捐物，扎如寺大经堂计划按原始规模和形状加以重建恢复，但因当时的政策等原因未能得成，只好压缩了大经堂建筑规模。此后根据筹集的资金情况陆续修建了茶房、库房、客房、接待房、奔卡仓囊钦（-楼）、郎介确登钦牟（尊胜大佛塔）、广场、僧侣公寓、打鼓房、禅门，以及商店、餐厅、停车场等。

　　寺院成立了由奔卡嘎桑仁静、郎介赤果、泽旺郎杰、能杰、泽丁介等7人组成的寺管会，由第31世奔卡嘎桑仁静-担任寺院主持及寺管会主任。国家对扎如寺实行了以寺养寺的政策，同时作为人文景点纳入九寨沟风景区的总体规划，统一管理，寺院开展了以餐饮服务、出售旅游纪念品为主的经济收入门路。并靠信教群众和游人的募捐增加经济收入，逐步完善了寺院的各项社会职能。经过重建恢复的扎如寺初具规模，寺院占地面积约为30000平方米，建筑面积10000平方米，其中840平方米的中央广场，其余为停车场、道路及绿色园林地带。

　　时到2005年随着九寨沟风景名胜区知名度的提高和-利生重任，对寺院作了改造提升的规划，但处于世界遗产地审批程序繁多，2005至2007年先后从县、州、省和国家相关部门完善各类手续，包括完成考察、规划、设计、地勘、绘图、审图等工作，2007年底着手开工修建，2008年遭受汶川512地震后交通中短，物价成倍上涨等因素导致建设工期拖延。经过全体僧侣，广大信众和特有一批善心人士的鼎力支持下，寺院管理班子克服各种艰难困苦，迎难而上较好的完成了寺院主体工程建设及部分装修和佛菩萨的安置任务。

　　目前，寺院总占地面积为100余亩，建筑面积为20000多平方米，其中，寺院标志性建筑有“雍仲拉泽佛塔”。该塔总高为50米，实用空间为5层，每层空间高度为6米。第一层为博物馆，第二层为显宗殿，第三层为密宗殿，第四层为心宗殿，第五层供有佛祖舍利宝塔和大藏经“甘珠尓”108套。寺院现有大小-3人，常住僧侣60余人，法会期间参会僧侣100多人，信教群众近万人。

　　寺院每年举行4次佛事活动，第一次是“良美都钦”，举行时间为农历正月初三至初六共4天；第二次是“麻智助钦”，举行时间为农历四月初七至十六日共11天；第三次是“郎介东确”，举行时间为农历五月十四至十六日共3天；第四次是“顾朵”，举行时间为农历九月二十七至二十九日共3天。

　　1995年，九寨沟县（原南坪县）人民政府发文把扎如寺纳入县以上文物保护单位。扎如寺在九寨沟生物圈保护区内，作为藏族文化遗产，寺院具有宗教、教育和文化三个功能。

　　宗教功能：寺院是一个地区宗教活动的主要场所，藏民族对藏传佛教的信仰和全部感情、向往都寄托在寺院，它是信教群众在社会发展和个人生活之间产生的矛盾和痛苦用宗教这一“良药”得以“0”调节，达到心理平衡安慰、人心安定的“神圣”地方。每一座寺院基本上都是这一地区的宗教中心，它担负起了教民完成信仰过程所需要的繁重的全部意识过程，从而满足教民信仰需求，和教民建立起相依为命的深厚关系，因此对社会意识形态起着重要的自我调空作用。

　　教育功能：历史上藏族地区的文化教育都集中在寺院，寺院既是宗教活动中心，又是文化教育中心，其教育内容主要是讲学佛教哲理，其次是-佛教显密心宗，学习天文、地理、历算和医药等等。宗教文化的延续与传播，主要靠寺庙教育。从扎如寺先后学到藏文的子弟有数百人，虽然现在国家已在九寨沟地区办起了双语教学，但是有相当一部分还没有入学的藏族子弟是从寺院或从僧人那里学到的藏语文知识，有的为今后到学校学习双语和升学打下了基础。有的中老年人用藏文拼音注音学会了汉字。

　　文化功能：一座寺院是一个地区的文化中心，它起着文化书院和博物馆的作用；丰富的藏书，是寺院成为这一地区的图书馆。它还具有储存传统文化的功能和作用，如文学、音乐、美术、舞蹈、博物、建筑等最基本的文化形式，也只有在寺院中才能领略到藏族艺术的迷人风采。同时它又是群众社会文化活动的一个重要场所，转经、朝佛、求神问卦、与僧人同庆节日，人们通过寺院进行各种交往、互通信息、增进团结和友谊。在九寨沟，扎如寺是游人了解传统藏族文化、美术、服饰、藏族人文风俗、舞蹈、音乐、建筑等的最好窗口。扎如寺对外开放以后，游人在扎如寺先后留言题词：“苍松碧水伴云流，中华自有千古秀，儿女迢迢来求，天上人间不朽。”；“看看我们的河山。”；“感谢大自然，感谢先民。”；“扎如宝寺，-常转，佛法光大，结缘四方，走向世界。”；“祝愿汉-民的友情似水长流，如青山常在。”等等。现今有众多国内外具缘信徒和善男信女，千里迢迢，源源不断地来到这里烧香拜佛，供奉三宝，以了各自的心愿，积功积德，成就暇满人生。