遗址坐落在石摞摞山山峁上，山峁一周依山以未经任何雕凿的石块、石片砌成不规则的城垣，长约1000米。现存残断、颓圮的城垣七段，残高0.5～2.6米。在城垣断处及墙体两侧，散见大量因自然侵蚀和人为破坏从墙体坍塌下来的石块，城垣内外地势平缓处有大小不一的石堆25处，直径2～5米，高0.8～4米。城垣南段见有平行并存的两段墙体，间距2.3米，内墙长2.1，厚1.1米，外墙对应内墙处开1.42米宽的豁口，两端墙体砌筑齐整，应为该城之南门。

　　在遗址内发现有龙山文化时期普遍存在的白灰居住面三处，均位于平缓向阳的遗址南部，呈一字排开，其中一处位于南部城垣内侧，另两处处于城垣外侧。

　　遗址地表分布大量陶片，以夹砂灰陶、泥质灰陶为主，黑陶、红陶、褐陶比例较小，纹饰以绳纹、蓝纹为主，另有方格纹、附加堆纹等，可辨器形有鬲、甑、钵、瓮、罐等。另见有少量石器如单孔石刀、石斧等。

　　由于自然及人为的破坏，遗址山体水土流失严重，城垣墙体坍塌、风化，遗迹或为山洪冲刷，或为农民耕植时破坏。目前当地文管部门采取了有偿退耕措施，以减轻耕种及水土流失对遗址的进一步破坏。

　　石摞摞山遗址为陕西境内迄今发现的唯一的一处新石器时代晚期城堡，保存相对完整，对研究史前城市的形成、城垣的建筑方法、新石器时代晚期聚落形态等有着重要的价值。

　　2006年石摞摞山遗址作为新石器时代的古遗址，被国务院列入第六批全国重点文物保护单位。