史载：东汉永平七年，汉明帝刘庄因夜梦金人，遣使西域拜求佛法。公元六十七年，汉使及印度二高僧摄摩腾、竺法兰以白马驮载佛经、佛像来东土,徒经陕西省兴平市时,两位高僧在此驻锡止步,为大众宣讲<佛说四十二章经>.大众受此法化,为纪念二位高僧及佛法东来,特建"清梵寺"以纪念.梵即指天竺.

　　寺内有南北双塔,原为清梵寺内建筑，塔建于唐贞观元年（公元627年），塔随寺名，初称清梵寺塔。梵清寺宋代改称保宁寺，塔亦遂称保宁寺塔。寺、塔历经唐、宋、明、清各代多次修葺。塔为砖结构，平面八角形，七层，残高38.6米，楼阁式。塔身每层南、北面辟券门或假券门，真假逐层上下相间。塔壁作仿木结构，以砖砌出角柱、阑额、菱角牙子。层间迭涩出檐，第一至三层檐下隐作斗拱。塔顶残毁。现存清乾隆四十七年（公元1782）立《重修保宁寺并建万寿宫碑》1通。碑文楷书，由谢天爵撰文，傅应旗书丹。碑文记载清梵寺于北宋太平兴国三年（公元978年）敕赐改额为保宁寺及募资补修大雄宝殿和创修万寿宫等事宜。

　　 后因战乱动荡等事,寺惨遭破坏,寺内的南北双塔, 现在也只剩北塔.塔顶也已失,据说乃西藏喇嘛从此地过,见清梵寺塔顶放金光,以为黄金所造,遂诵咒御使鬼神取下塔顶,不料却只是纯铜所造,只好携铜塔顶悻悻而去.

　　清梵寺原寺规模宏大，香火盛极一时，解放初，清梵寺内建筑基本保持完好，整个寺院占地五亩。后因历史原因，寺院被占用，目前清梵寺所在地仅为原寺塔院一角。近年来，唐代北塔不断遭受自然破坏的威胁，因年久失修经常掉落砖块。