青墩遗址首次发现于1973年。1976年春，南通博物馆在青墩采集、征集了一些出土遗物，其中不少属于良渚文化的璧、琮、坠、环等玉器，十分珍贵。次年11月，该馆又来青墩作小面积试掘。接着，南通博物院分别于1978年4—5月、1979年的4—5月，对青墩遗址进行了面积达490平方米的大规模发掘。在青墩遗址出土的大批陶器中，有一枚堪称“国宝”的有柄穿孔红陶斧，按石斧实物仿制而成，分柄和穿孔斧两部分。此陶斧并非实用之物，但为当时穿孔石斧的装柄方法提供了实物证据。陶斧的造型十分别致美观。此外青墩遗址还出土了用鹿角制的耒和三叉形投掷器，这在江苏系首次发现，具有重要的历史考古价值。

　　从青墩遗址的文化遗存分析，尽管青墩遗址地处长江北岸，但总的文化面貌特征基本上与江南新石器时代遗存相类似，而与苏北地区的有关新石器时代遗存区别较大。文化层的遗存在总的特征更接近于崧泽中层的文化遗存(崧泽文化距今约5800—5000年)，而上文化层的玉器等遗存则具有良渚文化的某些主要特征(良渚文化距今约5000—4000年)。

　　青墩遗址的发现对于探索长江南北新石器时代诸文化关系意义重大。2006年青墩遗址作为新石器时期的古遗址，被国务院列入第六批全国重点文物保护单位。